Proposition d’un test de permutation dans le cadre d’une régression non linéaire pour l’évaluation de néo-fongicides

Archive ouverte : Communication dans un congrès

Sahmer, Karin | Deweer, Caroline | Muchembled, Jérôme

Edité par HAL CCSD

COM. International audience. Les plantes cultivées sont régulièrement impactées par des champignons phytopathogènes qui peuvent causer des pertes quantitatives et qualitatives. Si l’utilisation de fongicides chimiques reste la réponse principale, de nouveaux fongicides bio-sourcés apparaissent sur le marché du biocontrôle ou sont en cours de développement grâce à une profonde attente sociétale (respect de l’environnement, développement de l’agriculture biologique, ...) et politique (plan Ecophyto2025, rapport agriculture innovations 2025, ...). L’évaluation de ces bio-fongicides nécessite d’optimiser les méthodes d’évaluations biologiques et statistiques. Ainsi, pour estimer et comparer au laboratoire l’efficacité de bio-fongicides, des essais en microplaques ou en boîtes de Pétri sont réalisés in vitro sur des champignons pathogènes de plantes. L’efficacité des bio-fongicides est évaluée par le calcul d’un indicateur de type CI 50 (la concentration d’inhibition à 50%) grâce à une régression non linéaire dans laquelle la CI 50 est un des paramètres estimés. Pour comparer les CI 50 , deux modèles sont ajustés, l’un avec des CI 50 dépendant du bio-fongicide, l’autre avec la même CI 50 pour tous les bio-fongicides. Un test F est utilisé pour comparer ces modèles. Les conditions d’application de ce test étant questionnables, une procédure de permutation adaptée au modèle est proposée pour le calcul de la p-value ainsi qu’une procédure bootstrap pour le calcul d’intervalles de confiance.

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